كما أن تنفيذ مشروع سكة حديد الحجاز في الفترة بين عامي ( 1319 - 1326 ه / 1901 - 1908 م ) قد كان له أكبر الأثر في ظهور الكثير من القلاع والأبراج ، التي صاحبت هذا الخط وحتى وصوله إلى المدينة ، وقد حظي الجزء الجنوبي الغربي من السور بمزيد من العناية ، وخاصة عند بوابة العنبرية حيث تمت إزالة البوابة الأولى التي كانت بين التكية ، المصرية وقشلة العساكر النظامية ، وأعيد بناؤها في موقعها المعروف ، بجوار محطة السكة الحديد ، وذلك لإدخال منطقة السكة الحديد ، وما استجد بداخل ساحتها من مسجد العنبرية إلى داخل المدينة . كما تم تمديد السور في هذه الجهة ليشمل المنطقة المذكورة إضافة إلى فتح باب صغير في ركن السور عرف بباب السكة الحديد وباب آخر قريبا من بوابة العنبرية يعرف بباب الكاتبية والذي يؤدي إليها .